직원이 기업을 대리 결제: 부가가치세 매입세액 공제 요건

❓ 직원이 기업을 대리 결제한 경우에도 매입세액을 공제받을 수 있나요?

법령에서 정한 요건을 모두 충족하면 공제받을 수 있습니다.

시행령 제181/2025/NĐ-CP호 제26조 제2항 i목은 부가가치세 과세 대상 생산·영업 활동에 사용되는 재화·용역에 대해, 기업의 재무규정 또는 내부규정에 따라 위임받은 근로자가 비현금 방식으로 대금을 지급하는 경우를 규정하고 있습니다. 이후 기업 역시 해당 금액을 근로자에게 비현금 방식으로 상환해야 합니다.

이는 일정한 요건을 충족해야 인정되는 결제 방식입니다. 직원의 개인 계좌를 사용했다는 사실만으로 해당 매입 거래가 자동으로 공제 요건을 충족하는 것은 아닙니다.

⚖️ 비현금 결제 증빙은 언제 필요한가요?

시행령 제181/2025/NĐ-CP호 제26조에 따라, 부가가치세를 포함한 매입 재화·용역의 금액이 500만 동 이상인 경우 비현금 결제 증빙이 필요합니다.

동일한 납세자로부터 같은 날 여러 차례 구매하는 경우에도 주의해야 합니다. 개별 구매금액이 500만 동 미만이더라도 당일 구매금액의 합계가 500만 동 이상이면, 매입세액 공제를 위해 비현금 결제 증빙을 갖추어야 합니다.

근로자가 위임받아 대신 결제하는 경우에는 해당 방식에 적용되는 규정에 따라, 근로자의 공급업체 대금 지급과 기업의 근로자에 대한 상환 모두 비현금 방식으로 이루어져야 합니다.

📂 세금 신고 전 기업이 확인해야 할 사항

1. 직원의 대리 결제에 대한 위임 근거

   
   

   직원의 대리 결제는 기업의 재무규정 또는 내부규정에 따른 위임 근거가 있어야 합니다. 기업은 거래가 발생하기 전에 결제를 담당할 직원, 구매 범위 및 승인 절차를 명확히 정하는 것이 바람직합니다.

   
   

2. 대금 지급과 상환 단계의 결제 방식

   
   

   두 단계의 결제 방식을 모두 확인해야 합니다. 직원이 공급업체에 계좌이체로 대금을 지급했더라도 기업이 직원에게 현금으로 상환했다면, 제26조 제2항 i목의 상환 방식에 관한 요건을 충족하지 못합니다.

   
   

3. 계좌이체와 판매자 계좌에 대한 현금 입금의 구분

   
   

   계좌이체와 판매자 계좌에 현금을 입금하는 행위는 구분해야 합니다. 제26조 제1항에 따라, 구매자가 판매자의 계좌에 현금을 입금한 증빙은 비현금 결제 증빙으로 인정되지 않습니다.

   
   

4. 실제 거래와 세금계산서·결제 증빙의 대조

   
   

   세금계산서와 결제 증빙은 실제 거래 내용과 대조해야 합니다. 기업은 세금계산서의 적법성, 재화·용역의 사용 목적 및 기타 관련 공제 요건도 확인해야 합니다.

   
   

🧮 기업은 관련 서류를 어떻게 보관해야 하나요?

관련 서류를 통해 구매 내역, 결제를 위임받은 직원 및 기업이 상환한 금액을 서로 대조할 수 있어야 합니다.

기업은 적용 요건을 충족했음을 입증할 수 있도록 다음 자료를 보관해야 합니다.

• 해당 매입 거래에 대한 적법한 부가가치세 세금계산서;

• 결제 위임의 근거가 되는 재무규정 또는 내부규정;

• 근로자에 대한 위임 사실과 결제 범위를 확인할 수 있는 자료;

• 근로자가 공급업체에 비현금 방식으로 대금을 지급한 증빙;

• 기업이 근로자에게 비현금 방식으로 상환한 증빙.

  
  

거래의 성격에 따라 계약서, 발주서, 구매 승인 자료, 지급요청서, 인수인계서 또는 검수확인서 등 관련 자료도 추가로 보관하는 것이 바람직합니다.

이러한 추가 자료는 거래 내용의 대조와 소명을 위한 것입니다. 모든 거래에 동일한 서류가 필요한 것은 아니므로, 기업은 실제 구매 내용에 적합한 자료를 확인해야 합니다.

예시

공제방식을 적용하는 기업 A가 부가가치세 과세 대상 영업 활동에 사용할 자재를 구매했으며, 세금계산서의 총금액은 부가가치세를 포함하여 1,100만 동이라고 가정합니다.

내부규정에 따라 위임받은 직원이 개인 계좌에서 공급업체로 대금을 이체합니다. 기업은 관련 서류를 대조한 후 해당 금액을 직원에게 계좌이체로 상환합니다.

증빙이 적법하고 위임이 관련 규정에 부합한다는 전제하에, 이러한 결제 방식은 제26조 제2항 i목에 따른 근로자를 통한 결제 요건을 충족합니다. 다만 기업은 신고 전에 세금계산서와 관련 공제 요건을 추가로 확인해야 합니다.

기업이 직원에게 현금으로 상환하는 경우에는 이 결제 방식에 요구되는 상환 방식 요건을 충족하지 못합니다.

💡 기업은 결제 절차를 어떻게 마련해야 하나요?

직원이 대신 결제하는 금액을 관리하기 위해 기업은 다음 네 단계의 절차를 일관되게 운영하는 것이 바람직합니다.

1. 재무규정 또는 내부규정에 대리 결제 담당자, 구매 범위 및 승인 권한을 명확히 정합니다.

2. 직원은 위임받은 내용에 따라 결제하고 결제 증빙을 보관합니다.

3. 회계부서는 기업이 비현금 방식으로 상환하기 전에 세금계산서, 구매 내역 및 관련 증빙을 대조합니다.

4. 거래별로 서류를 보관하여 세금계산서, 직원의 지급액 및 기업의 상환액 간 연관관계를 추적할 수 있도록 합니다.

   
   

이미 발생한 거래 중 서류가 부족하거나 결제 방식이 적절하지 않은 경우, 기업은 각 요건의 충족 여부와 신고 현황을 검토하여 처리 방향을 결정해야 합니다. 증빙을 추가하는 것은 실제 거래를 정확하게 반영할 때에만 의미가 있으며, 증빙을 보완했다는 사실만으로 해당 매입 거래가 자동으로 공제 요건을 충족하는 것은 아닙니다.

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직원이 기업을 대신하여 결제하는 일이 자주 발생하거나, 현재 보관 중인 서류가 부가가치세 매입세액 공제 요건을 충족하는지 확신하기 어려우신가요?

ESG Global & Partners는 기업의 위임 및 내부 결제 규정을 검토하고, 관련 서류를 대조하며, 공제 요건을 충족하지 못할 가능성이 있는 매입 거래의 처리 방향을 자문합니다.

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본 글은 근로자가 위임받아 기업을 대신하여 결제하는 경우의 부가가치세 매입세액 공제 요건을 다룹니다. 법인세 산정 시 손금으로 인정되는 비용인지 여부는 해당 규정에 따라 별도로 검토해야 합니다.

업데이트: 2026년 10월 8일

관련 법령: 현행 개정사항이 반영된 부가가치세법 제48/2024/QH15호 제14조 및 시행령 제181/2025/NĐ-CP호 제26조. 시행령 제359/2025/NĐ-CP호와 제144/2026/NĐ-CP호의 개정사항을 함께 검토하였으며, 제144/2026/NĐ-CP호는 2026년 6월 20일부터 시행됩니다.